| 1. | Gebhard I. | 1146–1155 | Gründungsabt aus dem Stift Rein |
| 2. | Gebhard II. | 1155–1180 | |
| 3. | Otto I. | 1180–1181 | aus Kärnten |
| 4. | Heinrich I. | 1181–1185 | resignierte und ging nach Ebrach |
| 5. | Heinrich II. | 1185–1186 | † 6.7.1186 |
| 6. | Hiltger | 1186–1193 | Professe von Ebrach, † 1193 |
| 7. | Otto II. von Niest | 1193–1201 | Professe von Ebrach, resignierte und ging nach Ebrach zurück |
| 8. | Gottschalk | 1201–1208 | Professe von Ebrach, † 15.7.1208 |
| 9. | Eberhard | 1208–1215 | Professe von Ebrach, wurde 1215 Abt in Ebrach, wo er 1219 resignierte |
| 10. | Conrad I. | 1215–1234 | |
| 11. | Theodorich | 1234–1241 | aus Ebrach, † 1241, in Wilhering begraben |
| 12. | Conrad II. | 1241–1243 | aus Ebrach, resigniert, † in Ebrach |
| 13. | Heinrich III. | 1243–1246 | aus Ebrach, resigniert, † 1246 in Ebrach |
| 14. | Ernest | 1246–1270 | vorher Prior in Heiligenkreuz, † 7.4.1270, 1259 Gründung von Hohenfurth |
| 15. | Ortolf | 1270–1273 | † 13.9.1273 |
| 16. | Pitrof | 1273–1276 | resigniert, kehrte nach Zwettl zurück |
| 17. | Hugo | 1276–1280 | aus Straubing, erster Professe von Wilhering, der Abt wurde; 1280 resigniert, 1285 Abt von Fürstenzell, 1295 Abt von Aldersbach; † 16.10.1308 auf der Rückreise von Citeaux in Heilsbronn, dort begraben |
| 18. | Wolfram | 1281–1288 | vorher Prior in Heilsbronn, † 1288 |
| 19. | Conrad III. | 1288–1308 | 1293 Gründung von Engelszell, † 14.7.1308 |
| 20. | Ulrich I. | 1308–1309 | vorher Prior, † 1309 |
| 21. | Otto III. | 1309 | vorher Abt in Hohenfurth, † 29.3.1309 |
| 22. | Wisento | 1309–1313 | Professe von Engelszell, res. 1313; von 1317–1319 Abt in Engelszell |
| 23. | Stephan I. | 1313–1316 | Professe von Hohenfurth, 1316 resigniert |
| 24. | Heinrich IV. Praendl | 1316–1331 | 1331 resigniert |
| 25. | Conrad IV. | 1331–1333 | |
| 26. | Hermann | 1333–1350 | Gründung von Säusenstein (1336), † 1350, im Chor der Kirche begraben |
| 27. | Bernhard I. Hirnbrech | 1350–1359 | 1359 resigniert |
| 28. | Simon | 1359–1360 | † 15.9.1360 |
| 29. | Walther (Balthasar) | 1360–1366 | † 14.4.1366 |
| 30. | Andreas | 1366–1369 | Professe und Abt von Engelszell von 1365–1366; † 6.12.1369 |
| 31. | Johann I. | 1370–1381 | Professe von Ebrach, 1381 res. |
| 32. | Peter I. | 1381–1385 | resignierte 1385 |
| 33. | Jakob I. | 1385–1421 | † 12.3.1421 |
| 34. | Stephan II. | 1421–1432 | aus Mautern, 1432 res., † 14.3.1462 |
| 35. | Ulrich II. | 1432–1451 | † 13.8.1451 |
| 36. | Georg I. | 1451–1452 | † 20.8.1452 |
| 37. | Ulrich III. | 1452–1460 | |
| 38. | Wilhelm | 1460–1466 | † 18.12.1466 |
| 39. | Conrad V. Panstorfer | 1467–1470 | aus Linz, 1470 resigniert, † 5.9.1475 |
| 40. | Urban | 1470–1480 | † 10.3.1480 |
| 41. | Thomas Dienstl | 1480–1507 | aus Leonfelden, † 29.5.1507 |
| 42. | Caspar I. | 1507–1518 | aus Mühlbach in Wilhering, † 3.4.1518 |
| 43. | Leonhard Rosenberger | 1518–1534 | aus Linz, † 21.1.1534 |
| 44. | Peter II. Rinkhammer | 1534–1543 | aus Ottensheim, 1543 res., † 4.5.1544 |
| 45. | Erasmus Mayer | 1543–1544 | aus Nürnberg, Professe von Ebrach, neun Monate Abt, dann Flucht nach Nürnberg und Trennung vom Kloster und Orden 1544–1545 verwaltet Landeshauptmann Balthasar von Presing das Kloster |
| 46. | Martin Gottfried | 1545–1560 | aus Überlingen am Bodensee, Professe von Baumgartenberg, † 27.9.1560 1560–1562 Administrator ist Abt Gewolf von Engelszell bis zu seinem Tod am 21.5.1562 1562–1568 Administrator ist Prior Matthäus Schweitzer, der dann zum Abternannt wird |
| 47. | Matthaeus Schweitzer | 1568–1574 | zum Abt ernannt am 8.9.1568, konfirmiert 3.4.1572, † 9.9.1574 |
| 48. | Johann II. Hammerschmied | 1574 - 1583 | vorher Prior in Baumgartenberg, zum Abt ernannt 9.11.1574, inst. 18.1.1575, † 22.10.1583 |
| 49. | Jakob II. Gistl | 1584–1587 | geb. in Weilheim in Bayern, Professe des Benediktinerstiftes Fiecht/Tirol, ernannt 23.10.1584, inst. 25.1.1585, † 8.2.1587 |
| 50. | Alexander a Lacu | 1587–1600 | geb. 1552 zu Lugano/Schweiz; Doktorat in Pavia, 1586 Hofkaplan des Erzherzogs Ernst, 8.9.1587 als Abt ernannt und 2.8.1589 konfirmiert; 1600 Abt von Garsten und dann von Kremsmünster postuliert; er legt am 7.9.1600 die Administration von Wilhering nieder; † 19.5.1613 in Linz, in Kremsmünster beerdigt. 1600–1603 Administratoren: Prior Christoph Koller und Hofrichter Leonhard Mandl; kurzfristig auch Petrus Rauch, Professe von Heiligenkreuz, der am 28.4.1602 Abt von Lilienfeld wurde; Christoph Koller starb als Prior am 1.3.1603 |
| 51. | Johann Schiller | 1603–1611 | aus Moosburg in Bayern, Professe und Prior in Lilienfeld, 1603 zuerst Administrator, dann zum Abt von Wilhering ernannt und am 6.4.1606 ben. † 6.4.1611 in Linz; 1611–1612 Administratoren: Prior Johann Lanzendorfer und Hofrichter Augustin Resch |
| 52. | Anton Wolfradt | 1612–1613 | geb. 1581 Köln, Professe von Heiligenkreuz, Doktor der Theologie, zum Abt ernannt am 14.4.1612, konfirmiert am 21.11.1612; vom 15.12.1613–1639 Abt in Kremsmünster; 1631 Fürstbischof von Wien, † 1.4.1639 |
| 53. | Georg II. Grill | 1614–1638 | Professe von Baumgartenberg, 1613 Küchenmeister in Wilhering, am 2.3.1614 als Abt postuliert, am 5.5.1614 konfirmiert, am 3.8.1614 ben., † 12.10.1638, in der Kirche (inter choros) begraben |
| 54. | Caspar II. Orlacher | 1638–1669 | aus Bayern, Profess 1622, el. 19.12.1638, ben. am 23.1.1639, † 28.11.1669 im 67. Lebensjahr |
| 55. | Malachias Braunmüller | 1670–1680 | aus Passau, Profess am 1.11.1637, el. 16.1.1670, ben. 14.4.1670, † 8.12.1680 |
| 56. | Bernhard II. Weidner | 1681–1709 | aus Linz, Profess 1.11.1658, el. 15.3.1681, † 27.5.1709 im 70. Lebensjahr |
| 57. | Hilarius Sigmund | 1709–1730 | geb. Zwettl OÖ (1665), el. 16.7.1709, resigniert 7.1.1730, † 8.8.1734 |
| 58. | Bonus Pemerl | 1730–1734 | geb. 1685 Hohenfurth, 1727-1730 Administrator in Engelszell, erwählt 8.1.1730, † 24.4.1734 (1733 Brand der Kirche) |
| 59. | Johann IV. Baptist Hinterhölzl | 1734–1750 | geb. 31.8.1698 Zwettl OÖ, erwählt 1.6.1734, † 6.2.1750, Neubau der Rokoko-Kirche |
| 60. | Raimund Schedelberger | 1750–1753 | geb. 1696 Ottensheim, 1736-1745 Administrator von Engelszell, el. 6.4.1750, † 14.9.1753 |
| 61. | Alan Aichinger | 1753–1780 | geb. 9.4.1705 Freistadt OÖ, el. 22.11.1753, † 23.12.1780 |
| 62. | Johann V. Baptist Hinterhölzl | 1781–1801 | geb. 17.11.1732 in Zwettl OÖ, el. 22.2.1781, † 30.5.1801 |
| 63. | Bruno Detterle | 1801–1832 | geb. 28.1.1759 Aspach/Innkreis, el. 15.9.1801, † 13.6.1832 |
| 64. | Johann VI.B. Schober | 1832–1850 | geb. 15.1.1783 Oberweißenbach, el. 7.11.1832, † 9.6.1850 |
| 65. | Alois Dorfer | 1851–1892 | geb. 14.10.1807 Putzleinsdorf, el. 14.5.1851, † 5.2.1892 |
| 66. | Theobald Grasböck | 1892–1915 | geb. 16.9.1846 Leonfelden, el. 20.7.1892, † 27.9.1915 (Gründer des Gymnasiums) |
| 67. | Gabriel Fazeny | 1915–1938 | geb. 9. Jan. 1862 Ebelsberg, el. 13. Dez. 1915, † 3. Okt. 1938 |
| 68. | Bernhard Burgstaller | 1938–1941 | starb 1941 im Gefängnis in Anrath bei Krefeld (Stift war aufgehoben) |
| 69. | Balduin Wiesmayer | 1941–1948 | geb. 5.5.1889 Leonding, el. 11.11.1941, † 17.5.1948 (während der Aufhebung des Stiftes Pfarrer in Gramastetten) |
| 70. | Wilhelm Ratzenböck | 1948–1965 | geb. 18.7.1900 Traberg, Dr. theol., el. 13.8.1948, res. 6.9.1965, † 22.2.1966, (Bau des Internates und des Gymnasialtraktes) |
| 71. | Gabriel Weinberger | 1965–1977 | geb. 24.9.1930 Semlin/Jugoslawien, el. 23.9.1965, ben. 9.10.1965, res. 17.11.1977 |
| 72. | Dominik Nimmervoll | 1977–1991 | geb. 24.1.1939 Zwettl OÖ, Dr. phil., el. 12.12.1977, ben. 9.1.1978, res. 5.9.1991 |
| 73. | Gottfried Hemmelmayr | seit 1991 | geb. 9.11.1937 Lichtenberg, el. 5.9.1991, ben. 22.9.1991 |